Где в битрикс /.top.menu_ext.php

Конкретно типы меню с приставкой _ext как правило, находятся рядом с самим типом меню.
Они создаются для конкретного раздела сайта, если создан для всех разделов- то, скорее всего, находится прямо в корне сайта

Это скрытые файлы (начинаются с . (точки)  ) если Вы их не видите- просто включите отображение скрытых файлов.

Если тип меню и его _ext файл, созданы и работают в каком-то конкретном разделе- то физически и лежат в корне этого раздела.
Например: Если меню в каталоге - то физически лежит в директории /catalog/