style.css - сюда, соотвествено, складываются стили конкретно этого шаблона
script.js - сюда js скрипты нужные, конкретно этому шаблону
Оба файла подключатся (с точки зрения исходного кода, объединятся с основными css и js сайта) автоматически. Ни чего делать специально не нужно, система возьмет всю рутину на себя.
Само собой, если создадите фалы style.min.css и script.min.js - тоже, не нужно ни чего делать специально, подключатся и они. Если в настройках главного модуля указана настройка "Подключать минифицированые файлы css и js"