При синхронизации каталога из 1С-Предприятие, в 1С-Битрикс (Малый Бизнес) все товары валятся в корень каталога не создавая разделы.
Первые три момента которые нужно проверить:
1) В настройках обмена (на стороне 1С-УТ) отключите галку "Выгружать остатки по складам"
В Малом Бизнесе не может быть больше одного склада. Сам обмен пройдет без проблем, но именно разделы споткнуться тут.
2) В настройках отбора (на стороне 1С-УТ) сделайте отбор по одному типу цен.
В Малом Бизнесе не может быть больше одного типа цены.
3) В настройках инфоблока (на стороне Битрикс) снимите галку проверки символьного кода раздела на уникальность и на обязательность.
Тут немного эфемерная проблема, но как правило возникает проблема именно тут.