Массово: применить наценку ко всем товарам каталога с пересчетом от базовой.

Для начала: в настройках магазина, создаем новый тип цены "Наценка для всех" и выставляем права на просмотр и покупку нужной группе пользователей (в моем случае для всех). Также, запрещаем всем пользователям просмотр и покупку по Базовой цене

Здесь же, в настройках магазина, создаем наценку: называем как удобно и выставляем процент наценки.

Запоминаем:
- ID типа цены, на которую нужно установить наценку: в моем случае 4
- ID наценки, которую нужно применить к этому типу цен: у меня 1
- ID инфоблока с которым работаем: у меня 5-ый

Применяем наценку методом CPrice::Update

Дальше все просто: нам нужно перебрать все товары каталога методом CIBlockElement::GetList и методом CPrice::Update обновить параметры нужного типа цен.

Запускаем выполнение вот этого кода:
Обратите внимание, в методе CIBlockElement::GetList используем Fetch, вместо GetNext - так как нужны только ID элементов (товаров). Fetch - отрабатывает быстрее.

require_once($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . '/bitrix/modules/main/include/prolog_before.php');
Cmodule::IncludeModule('iblock');
Cmodule::IncludeModule('catalog');
$IBLOCK_ID = 5; // Инфоблок
$EXTRA_ID = "1"; // Наценка
$PRICE_ID = "4"; // Тип цены
$getElementId = CIBlockElement::GetList(
    Array("ID" => "ASC"),
    Array("IBLOCK_ID" => $IBLOCK_ID),
    false, false,
    Array('ID')
);
while ($arID = $getElementId->Fetch()) {
    $arFields = Array(
        "PRODUCT_ID" => $arID['ID'],
        "CATALOG_GROUP_ID" => $PRICE_ID,
        "EXTRA_ID" => $EXTRA_ID,
        "CURRENCY" => "RUB",
    );
    $res = CPrice::GetList(
        array(),
        array(
            "PRODUCT_ID" => $arID['ID'],
            "CATALOG_GROUP_ID" =>  $PRICE_ID
        )
    );
    if ($arr = $res->Fetch()) {
        CPrice::Update($arr["ID"], $arFields);
    } else {
        CPrice::Add($arr["ID"], $arFields);
    }
}

И проверяем результат, зайдя в любой товар. Должна установиться наценка на выбранный тип цены и расчитаться сама цена на основе базовой. При изменении цены товара, автоматически пересчитывается наша цена.

Если потребуется изменить величину наценки. Просто заходите в ее (наценки) настройки, меняете величину и ставите чекбокс на Пересчитать цены. Автоматически перезапишутся цены, с этой наценкой.

Таким образом, можно устанавливать наценки для разных типов цен. например: для разных групп пользователей или разных сайтов в системе.

Если нужно устанавливать наценку для новых товаров, которых не было до запуска скрипта, можно сделать обработчик в init.php срабатывающий на событие добавление элемента OnAfterIBlockElementAdd

Сделать наценку с помощью D7

Вариант кода с использованием более современного подхода, с использованием D7/ORM:

use Bitrix\Main\Loader;
use Bitrix\Iblock\ElementTable;
use Bitrix\Catalog\PriceTable;
Loader::includeModule('iblock');
Loader::includeModule('catalog');
$IBLOCK_ID = 11; // Инфоблок
$EXTRA_ID = 1; // Наценка
$PRICE_ID = 6; // Тип цены
$elements = ElementTable::getList([
    'select' => ['ID'],
    'filter' => ['IBLOCK_ID' => $IBLOCK_ID],
])->fetchAll();
foreach ($elements as $element) {
    echo '
';
    print_r($element);
    echo '
';
    $arFields = [
        "PRODUCT_ID" => $element['ID'],
        "CATALOG_GROUP_ID" => $PRICE_ID,
        "EXTRA_ID" => $EXTRA_ID,
        "CURRENCY" => "RUB",
    ];
    // Проверяем наличие цены
    $price = PriceTable::getList([
        'filter' => [
            "PRODUCT_ID" => $element['ID'],
            "CATALOG_GROUP_ID" => $PRICE_ID
        ]
    ])->fetch();
    if ($price) {
        // Обновляем цену
        PriceTable::update($price["ID"], $arFields);
    } else {
        // Добавляем новую цену
        PriceTable::add($arFields);
    }
}

Этот код более современный и соответствует стандартам D7, обеспечивая лучшую производительность и поддержку в будущем.