Можно выводить сколько угодно catalog.section тут вопрос к производительности сервера на котором это делаете.
Вот пример с двумя (новинки и хиты)
https://vgrote.ru/ в виде каруселей.
На этом же сайте было изначально 5 каруселей по 60 товаров в каждой, решили отказаться- не из соображений производительности, просто не придумали что еще выводить.
PS: С не возможностью более 1000 свойств в инфоблоке- тоже вопрос к серверу. При любом раскаладе, при более менее сложном сайте, есть смысл рассмотреть возможность аренды нормального сервера.