Уже голову сломал. Может подскажете что могло произойти.
Два сайта на одной лицензии. Каталоги товаров у обоих из одного инфоблока. Вопрос стал актуален на обоих сайтах, поэтому ошибка в компонентах исключена, я полагаю.
Многие товары перестали выводиться в обоих каталогах. Если в админке пересохраняешь товар, то он появляется в каталогах. Переиндексация товаров вопрос не решила. Пробовал через GetList подтягивать список товаров в конкретном разделе. Если указываешь в фильтре "ACTIVE" => "Y", то список пуст. Если "!ACTIVE" => "N", то выводятся активные как и должно. Видимо каталоги тоже эти товары не видят как активные. Хотя и в массиве запроса ACTIVE у них стоит "Y", и в админке активны.