Установить остатки товара на складе из доступных остатков.

Для этого достаточно воспользоваться методами CIBlockElement::GetList и CCatalogStoreProduct::Add

CModule::IncludeModule('iblock');
Cmodule::IncludeModule('catalog');
$addProps = CIBlockElement::GetList(
        Array("ID" => "ASC"),
        Array("IBLOCK_ID" => 7),
        false,
        false,
        Array(
            'ID',
            'CATALOG_QUANTITY',
        )
);
while ($ar_fields = $addProps->Fetch()) {
    $arFields = Array(
        "PRODUCT_ID" => $ar_fields['ID'],
        "STORE_ID" => 1,
        "AMOUNT" => (int)$ar_fields['CATALOG_QUANTITY']
    );
    $ID = CCatalogStoreProduct::UpdateFromForm($arFields);
}

Пояснения:

• Подключили модули инфоблока и каталога
• С помощью CIBlockElement::GetList - получили ID и количество доступного товара из инфоблока ID-7
• В цикле, прошлись по всем элементам и обновили количества остатка на складе с ID=1, методом CCatalogStoreProduct::UpdateFromForm